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Die Universität Freiburg
wurde am 21. September 1457
vom österreichischen Erzherzog Albrecht VI.
gegründet.
Albrecht VI. war der jüngere Sohn von Herzog Ernst aus der steirischen Linie der Habsburger und der Bruder Kaiser Friedrichs
III
.
Das Verhältnis der Brüder war gespannt, da Albrechts Bemühungen um Mitregierung weitgehend erfolglos blieben. Im Vergleich von 1446 erhielt er die Verwaltung der österreichischen
Vorlande
, wo er 1457 die Universität Freiburg im Breisgau gründete.
Als Volluniversität repräsentierte die „Albertina“ alle damals wichtigen Fakultäten: Theologie, Jura, Medizin und Philosophie. Ihre Aufgabe sollte es sein, theologischen Nachwuchs und fähige Verwalter auszubilden.
In der Stiftungsurkunde der Universität vom 21. September 1457 betonte Albrecht, er wolle helfen, tröstliche und
heilsame Weisheit zu fördern, zur Erlöschung menschlicher Unvernunft und
Blindheit. Finanziert werden sollte die Hochschule durch Einnahmen aus Kirchenlehen, welche die Habsburger der Universität abgetreten hatten. Dazu gehörten u.a. die Pfarrkirchen von Freiburg, Breisach, Ensisheim und Winterthur. Da diese Gelder anfänglich nicht flossen, musste die Stadt einspringen.
Nach den Vorbereitungsarbeiten Matthäus Hummels
nahm die Universität den Unterrichtsbetrieb am 26. April 1460 auf. Hummel
wurde zum ersten Rektor der Albertina gewählt. Am heutigen Standort der „Alten Universität“ wohnten einige der ersten Studenten, in „Bursen“. Dort fanden auch die Eröffnungs-Vorlesungen statt. Unterrichtssprache war Latein.
Die Zahl der Studierenden lag in den ersten Jahrzehnten bei etwa 140 Personen.
An der Freiburger Universität lernten und lehrten bekannte Humanisten, unter ihnen: Martin Waldseemüller
, der auf seinem Weltatlas den neuen Kontinent erstmalig „America“ nannte. In der Frage der Reformation entschied sich die Freiburger Universität für den Katholizismus und die Loyalität zu Österreich.
Der Stadtrat ordnete Hausdurchsuchungen an und ließ auf dem Münsterplatz durch den Scharfrichter rund 2000 Bücher reformatorischen Inhalts verbrennen.
Im siebzehnten Jahrhundert wurde Französisch populär, Fechtmeister und Tanzlehrer wurden eingestellt. 1620 führten die katholischen Landesherren an der theologischen und der philosophischen Fakultät der Freiburger Universität den Jesuitenorden ein. Die heutige „Alte Universität“ ist das von den Jesuiten über Jahrzehnte erbaute Kolleg.
Im Nijmweger Frieden von 1679
wurde Freiburg französisch. Ludwig XIV.
gab den Jesuiten freie Hand, ein Studium gallicum einzurichten und das nötige Geld für neue Bauten. Mit diesem zweisprachigen Studium eröffnete die Hochschule 1684 wieder ihre Tore, während die ehemaligen Freiburger
Professoren nach Konstanz geflohen waren. Mit dem Frieden von Rijswijk
1697
wurde Freiburg wieder österreichisch, und auch die Universität kehrte in die Stadt zurück.
1768 beschnitt die Kaiserin Maria Theresia 
die finanzielle Unabhängigkeit der Universität, stärkte mit vermehrten Prüfungen den Leistungsgedanken, verringerte den Einfluss der Jesuiten, beschränkte die Zahl der unterrichtsfreien Tage, führte moderne Lehrbücher und praktische Unterrichtsmittel ein, und ersetzte das reine Vorlesen durch den
Vortrag auf Deutsch. In Folge der napoleonischen Kriege erhielt das Großherzogtum Baden 1805 die Herrschaft über den Breisgau. Gleichzeitig verlor die Freiburger Universität mit ihren linksrheinischen Besitzungen einen Großteil ihres Einkommens. 1820 sicherte Großherzog Ludwig von Baden
durch eine Stiftung die Existenz der Universität, die sich zum Dank „Alberto-Ludoviciana“ nannte.
Ab 1850 wuchs die Studentenzahl von 500 auf 1500, das Institutsviertel für die Naturwissenschaften und die Medizin wurde gebaut.
Ab 1900 waren Frauen - erstmalig an einer deutschen Universität - zum Studium zugelassen.1902 weihte man die neue Bibliothek ein, 1911 das neue Universitätshauptgebäude. Es bot Platz für inzwischen 3000 Studierende.
1920 eröffnete das neue Klinikum. Ende des 20. Jahrhunderts waren über 20.000 Studierende in Freiburg eingeschrieben.
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