am 3. Oktober 1622 
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durch Kaiser Ferdinand II . 

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Im Mai 1526 wurde in Nürnberg unter Beteiligung einer Reihe bekannter Humanisten und Reformatoren, unter ihnen Philipp Melanchthon und Martin Luther , das Gymnasium St. Egidien gegründet, das jedoch nur neun Jahre Bestand hatte. Etwas später gab Joachim Camerarius , der ehemalige Gründungsrektor des Gymnasiums St. Egidien, mit einem 1565 verfassten Schreiben an den Nürnberger Rat den Anstoß für einen neuen Versuch. Nach der Besichtigung mehrerer infrage kommender Standorte in der Nähe von Nürnberg entschied sich eine Delegation des Nürnberger Rats für Altdorf. 

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Am 30. September 1571 erfolgte die Grundsteinlegung für das durch Spenden des wohlhabenden Nürnberger Patriziats finanzierte Kollegiengebäude; im Gegenzug erwarben die Spender ein Wohnrecht für ihre studierenden Söhne. Nach knapp vierjähriger Bauzeit fand am 29. Juni 1575 die feierliche Einweihung statt. 1582 wurde der durch Sebald Welser finanzierte Ostflügel mit dem größten Hörsaal, ein Jahr später das Torhaus mit einem Buchladen und der Wohnung des Pedells fertiggestellt. Die räumlichen Ausmaße des Gebäudekomplexes lassen vermuten, dass die Nürnberger schon früh über ein einfaches Gymnasiums hinausdachten. So erreichte der Vertreter des Nürnberger Rates am kaiserlichen Hof in Prag schließlich die Erhebung zur Akademie. 1581 wurden an der nun nicht mehr nach Klassen, sondern nach Fakultäten gegliederten Einrichtung die ersten Magistertitel verliehen.
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Da die Altdorfer Akademie florierte und sich eines großen Zustroms von Studenten erfreute, erhob sie Kaiser Ferdinand II. am 3. Oktober 1622 auf Drängen des Nürnberger Rates zur Universität. Im Gegenzug musste Nürnberg aus der Protestantischen Union ausscheiden und 25.000 Gulden Hilfsgelder an den Kaiser entrichten. Das offizielle Gründungsdatum wurde auf den 29. Juni 1623 gelegt, den Tag, an dem 1575 die Einweihung des ehemaligen Gymnasiums stattgefunden hatte. Die evangelische St. Laurentiuskirche wurde zur Universitätskirche ernannt. Dort wurden bis 1809 über 1.100 junge protestantische Geistliche ordiniert. 

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Acht Jahre nach der Universitätsgründung hatte der Dreißigjährige Krieg auch Altdorf erreicht, als Tillys Truppen im November 1631 Stadt und Universität besetzten und mit Plünderung drohten. Nach einer Zahlung von 1.000 Reichstalern zogen die Truppen schließlich ab. Im Juni 1632 wurden Angehörige der Universität auf ihrem Weg von Nürnberg nach Altdorf von kroatischen Reitern überfallen. Der Universitätsrektor Nößler musste als Arzt im Heer Wallensteins bleiben. Die Einschreibungen an der Universität erreichten in dieser Zeit ihren Tiefstand; Studenten und Professoren suchten Schutz im benachbarten Nürnberg.
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Nach Kriegsende (1648) hatte die Universität Altdorf bis ins erste Viertel des 18. Jahrhunderts eine Zeit der Blüte und ständigen Erweiterung. 1650 wurde die Anatomie eingerichtet, 1657 die Sternwarte, 1682 das chemische Laboratorium. Am 29. Juni 1723 wurde die Hundertjahrfeier mit großem Pomp gefeiert. Doch die jährlichen Neueinschreibungen gingen immer weiter zurück. Eine zur Verbesserung der Universität im Jahr 1729 eingesetzte Kommission mahnte eine höhere Disziplin bei Studenten und Professoren an und erwog erstmals eine Verlegung der Universität nach Nürnberg. Mit der Übernahme Nürnbergs fiel 1806 auch die Reichsstädtische Universität Altdorf an das Königreich Bayern. Infolge der neu gegründeten bayerischen Landesuniversitäten musste an anderen Stellen gespart werden. Weil die finanziellen Mittel fehlten, wurde - wie schon 1803 die Universität Dillingen – auch die 'Altdorfina' am 24. September 1809 von König Maximilian I. Joseph aufgelöst.
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Am 29. August 1599 schrieb sich der damals sechzehnjährige Albrecht von Waldstein, der später unter dem Namen „Wallenstein“ berühmt wurde, in die Altdorfer Matrikel ein. Nur wenige Wochen später war er auch schon in den Skandal um die Ermordung eines Fähnrichs der Altdorfer Bürgerwehr verwickelt, der kurz vor Weihnachten nach einem Streit von einem Studenten erstochen wurde. Die Bestrafung fiel ungewöhnlich milde aus, Wallenstein wurde nur mit einem kurzen Hausarrest belegt. Wenig später, am 14. Januar, kam es zu einem weiteren Vorfall, als Wallenstein seinen Diener mit Peitschenhieben schwer misshandelte, weil dieser untätig aus dem Fenster auf den Markt hinausgeschaut hatte. Das daraufhin eingeleitete Verfahren endete damit, dass Wallenstein die Arztkosten für die Behandlung seines Dieners übernehmen und eine Strafe von 30 Gulden zahlen musste. Wallenstein verschwand 1600 aus Altdorf und unternahm eine 'Grand Tour' nach Frankreich und Italien, wo er sein Studium an den Universitäten in Padua und Bologna fortsetzte.

Bedeutende Studenten

Albrecht von Waldstein (oben links), genannt Wallenstein, späterer kaiserlicher General, war Student von 1599 bis 1600

Gottfried Wilhelm Leibniz (oben rechts) , Philosoph und Wissenschaftler, Mathematiker, Diplomat, Rechtsgelehrter, Physiker, Historiker und Doktor des weltlichen und des Kirchenrechts, wurde 1666 promoviert.

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Universitätsgründungen im deutschen Sprachraum